Berdasarkan Peraturan Menteri Agama Nomor 13 Tahun 2012 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Kementerian Agama Pasal 7 disebutkan bahwa, Kantor Kementerian Agama Kabupaten Labuhanbatu Utara mempunyai tugas melaksanakan tugas dan fungsi Kementerian Agama dalam wilayah kabupaten berdasarkan kebijakan Kepala Kantor wilayah Kementerian Agama Provinsi Sumatera Utara dan ketentuan peraturan perudang-undangan.
Dalam melaksanakan tugasnya tersebut, Kantor Kementerian Agama Kabupaten Labuhanbatu Utara menyelenggarakan fungsi :
- Perumusandan penetapan visi, misi dan kebijakan teknis di bidang pelayanan dan bimbingan kehidupan beragama kepada masyarakat di Kabupaten.
- Pelayanan, bimbingan dan pembinaan di bidang haji dan umrah.
- Pelayanan, bimbingan dan pembinaan di bidang pendidikan madrasah, pendidikan agama dan keagamaan.
- Pembinaan Kerukunan Umat Beragama.
- Pelaksanaan kebijakan dibidang pengelolaan administrasi dan informasi.
- Pengkoordinasian,perencanaan,pengawasan dan evaluasi program.
Pelaksanaan hubungan dengan pemerintah daerah, instansi terkait dan lembaga masyarakat dalam rangka pelaksanaan tugas Kementerian di kabupaten/ kota.
TUGAS DAN FUNGSI KANTOR KEMENTERIAN AGAMA KABUPATEN LABUHANBATU UTARA
(Peraturan Menteri Agama RI Nomor 19 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Kementerian Agama dan Peraturan Menteri Agama RI Nomor 42 Tahun 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Agama)
Susunan organisasi Kantor Kementerian Agama Kabupaten Labuhanbatu Utara terdiri atas:
- Subbagian Tata Usaha;
Subbagian Tata Usaha bertugas melakukan penyiapan bahan koordinasi penjabaran kebijakan teknis dan kegiatan, pelayanan urusan persuratan, administrasi perencanaan, kepegawaian, keuangan dan barang milik negara, keorganisasian dan ketatalaksanaan, penyusunan keputusan, kerumahtanggaan, kearsipan, hubungan masyarakat, serta publikasi, data dan informasi.
- Seksi Pendidikan Islam;
Seksi Pendidikan Islam bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendidikan raudlatul athfal, madrasah ibtidaiyah, madrasah tsanawiyah, pendidikan agama Islam, pendidikan diniyah, dan pondok pesantren.
- Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umrah;
Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umrah bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendaftaran dan pembatalan haji, bimbingan manasik, bina haji reguler, penyelenggara haji khusus dan umrah, transportasi dan dokumen haji reguler, serta administrasi keuangan haji.
- Seksi Bimbingan Masyarakat Islam;
Seksi Bimbingan Masyarakat Islam bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang urusan agama Islam dan bina syariah, bina kantor urusan agama dan keluarga sakinah, penerangan agama Islam, dan pemberdayaan zakat dan wakaf.
- Penyelenggara Kristen;
Penyelenggara Kristen bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang urusan agama Kristen, pendidikan agama, dan pendidikan keagamaan Kristen

